部隊によりけりだが、最大週2日の部外通修が認められるので、その間に研鑽を積む者が多い。部隊の患者だけでは、医師としてあまりにも自身の専門分野の症例が不足しているケースが大半である。部隊勤務1年半を経過した1月に、全員が1尉に昇任。それから半年後に、専門研修医官になる。その間、潜水医官課程・航空医官課程を終了した海と空の医官は、それぞれ潜水医官記章及び航空医官課程終了後2年間の部隊勤務経験を経た後に航空医官記章が付与される。
概ね2年間の部隊勤務が終わると、専門研修が命ぜられる。ほとんどの者は防衛医大・自衛隊中央病院で勤務している。専門研修医官(専修医)は、常に人手不足に悩む防衛医大の各医局にとって、貴重な実戦力である。専修医は2年。これを終了すると、陸では衛生学校のAOC(幹部上級課程)に入校する。海と空では、それに相当するような教育課程は無い。
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専修医を終わっても、学位は授与されない。それ以上の医学を研鑽したい者は防衛医大研究科を受験する。受験科目は英語と専攻科である。研究科は大学院に相当し、4年間在籍して審査を経て、「博士（医学）」の学位が大学評価・学位授与機構から与えられる（防衛医科大学校には学位授与権がない）。それぞれの科にもよるが、採用人員は年に1?2名程度と少ない。
研究科を修了した者のうちで、研究者・教育者に向いていると判断された者は、しばしばUC転官を勧められ、制服を脱いで、文官たる防衛医大助手(防衛教官)となり、防衛医大を支える。